A jornada da educação integral deve ser, no mínimo, de sete horas diárias ou 35 horas semanais. Durante o período em que estão na escola, os estudantes recebem três refeições.
As escolas escolhem até cinco atividades nos macrocampos do programa, entre eles o de acompanhamento pedagógico (obrigatório), educação ambiental, esporte e lazer, direitos humanos em educação, cultura e artes, cultura digital, promoção da saúde, comunicação e uso de mídias, investigação no campo das ciências da natureza e educação econômica.
Pelo Mais Educação, as escolas são selecionadas com base em critérios como baixo índice de desenvolvimento da educação básica (Ideb), as que têm entre seus estudantes, em sua maioria, filhos de famílias beneficiadas pelo Bolsa Família e escolas em regiões de vulnerabilidade social. A liberação de recursos financeiros é feita por meio do Programa Dinheiro Direto na Escola, e a adesão é pela internet.