As novas condições de operação propostas têm como objetivo atender à necessidade de adaptar o Sistema Hídrico a um novo referencial hidrometeorológico, reconhecendo a importância dos impactos das mudanças climáticas sobre os recursos hídricos. As novas regras também visam ao compartilhamento dos recursos hídricos inspirado nos princípios do aproveitamento múltiplo, racional, harmônico e integrado e a importância de se garantir a segurança hídrica da bacia do rio São Francisco em sua área de influência.
Dentre as condições de operação estabelecidas na Resolução nº 2.081 está a operação bem definida em período úmido (de dezembro a abril) e período seco (de maio a novembro). Com isso, o rio passa a ter vazões mais condizentes à sazonalidade natural das estações. Pelas novas regras, os reservatórios de Três Marias, Sobradinho e Xingó deverão respeitar respectivamente os valores de 100m³/s, 700m³/s e 700m³/s como suas vazões mínimas médias diárias. Para Três Marias e Sobradinho a Resolução da ANA estabelece três faixas de operação (normal, atenção e restrição), que serão baseadas nos volumes acumulados e deverão balizar a operação dos reservatórios.